Zoologická zahrada byla otevřena na jaře roku 1949. Založena však byla již o rok dříve. Vznikla z iniciativy skupiny milovníků zvířat, kterou kolem sebe soustředil podmokelský obchodník a zoolog Ludvík Grác. Vybralo se pro ni úžasné místo v překrásném prostředí lesoparku na Pastýřské stěně, kde v letech 1919 – 1925 provozovala podmokelská Pilzova divadelní společnost lesní divadlo, a kde v roce 1936 vystavěl Horský spolek pro České Švýcarsko mládežnickou ubytovnu. Ta se později stala sídlem správy zoo i několika teplomilných druhů zvířat.
Zřízení zoo předcházelo podání návrhu na městský národní výbor. Návrh byl přijat a děčínští občané se s nadšením pustili do budování. Vše se stavělo převážně brigádnicky, mnohdy ale chyběly finanční prostředky a také zkušenosti. V době vzniku děčínské zoo totiž byly v Československu jen čtyři zoologické zahrady, pouze dvě z nich pak byly založeny už před válkou.
Prvními stavbami byly těsně vedle sebe umístěné volné voliéry s přední stěnou z pletiva určené pro drobné exotické ptactvo a naproti nim podobné pro dravce. Postavila se stáj pro koně a se zvyšujícím se počtem zvěře postupně vznikaly další klece, ohrady a rybník pro vodní ptactvo. Ve správní budově, která byla jedinou vytápěnou stavbou v zoo, vznikla terária a akvária a také prostory pro opice. I když byl rozvoj v prvních letech existence zoo poměrně rychlý, vždy vadil nedostatek budov a ubikací pro přezimování zvířat. Nově získaná zvířata byla velmi často umisťována pouze provizorně, což se projevovalo na úmrtnosti i nízkých odchovech.
Pro zoo byla původně vyměřena plocha zhruba 8 ha, při vzniku ale byly využity jen 2 ha. V prvých letech existence zoo bylo chováno přibližně 50 druhů zvířat. Nejpočetněji bylo zastoupeno ptactvo a drobní savci převážně z fauny Československa. Postupně se ale skladba chovaných zvířat rozšiřovala. Z nejvýznamnějších zvířat v počátcích historie zoo můžeme jmenovat například medvědy malajské, v té době jediné v naší republice, opice rhesus, paviány, medvědy hnědé, karpatské vlky, kteří se pravidelně rozmnožovali, thajvanského jelena siku z přímého importu, muflony, daňky, supa bělohlavého, bažanty, čápy, volavky a další.
